Итак:
в русский язык слово пришло из испанского vainilla. Из испанского потому, что именно войска доброго Кортасара открыли миру эту специю в процессе завоевания территории современной Мексики.
Vainilla - уменьшительно-ласкательное от vaina - оболочка, кожух.
А vaina, в свою очередь, заимствование из латыни, от слова vagina - тоже имеет значение "оболочка".
Вот так.